Η υλοποίηση του ΕΠ-ΥΜΕΠΕΡΑΑ περιλαμβάνει δειγματοληψίες βενθικών μακροασπόνδυλων, διατόμων (εκεί όπου υπάρχουν), φυσικοχημικών και υδρομορφολογικών παραμέτρων σε 490 σταθμούς ποτάμιων υδατικών σωμάτων (ΥΣ) της Ελλάδας και σε υποσύνολο των σταθμών αυτών δειγματοληψίες ψαριών.
Οι γενικές φυσικοχημικές παράμετροι
(θερμοκρασία, θολερότητα, pH, αγωγιμότητα, ολικά διαλυμένα στερεά, συνθήκες οξυγόνωσης, βιολογικά απαιτούμενη συγκέντρωση οξυγόνου, συγκεντρώσεις θρεπτικών, χλωριόντα) μετριούνται με συχνότητα τρεις φορές κατ’ έτος ως εξής:
- το χειμώνα σε 141 επιχειρησιακούς, σε 163 εποπτικούς και σε 1 διερευνητικό σταθμό που η κατάστασή τους εκτιμήθηκε, με βάση τα δεδομένα του Προγράμματος Παρακολούθησης 2012-2015, ως κατώτερη της καλής και μία ή περισσότερες θρεπτικές ενώσεις παρουσίασαν το χειμώνα μεγαλύτερη συγκέντρωση από τουλάχιστον μία άλλη εποχή δειγματοληψίας,
- την άνοιξη μετριούνται σε όλους τους σταθμούς,
- το καλοκαίρι σε 159 επιχειρησιακούς, 242 εποπτικούς και 1 διερευνητικό σταθμό, καθώς οι υπόλοιποι σταθμοί το καλοκαίρι είναι ξεροί.
Οι γενικές υδρολογικές παράμετροι
(π.χ. παροχή, ταχύτητα νερού) μετριούνται ταυτόχρονα με τις φυσικοχημικές παραμέτρους.
Τα μακροασπόνδυλα και τα διάτομα
παρακολουθούνται στο σύνολο των σταθμών την άνοιξη, ενώ το καλοκαίρι σε 159 επιχειρησιακούς, 242 εποπτικούς και ένα διερευνητικό σταθμό, καθώς οι υπόλοιποι σταθμοί το καλοκαίρι είναι ξεροί.
Τα ψάρια
παρακολουθούνται την άνοιξη σε υποσύνολο 72 επιχειρησιακών, 172 εποπτικών και ενός διερευνητικού σταθμών, καθώς οι υπόλοιποι σταθμοί είτε δεν είναι προσβάσιμοι κατά τη διάρκεια της περιόδου υψηλών παροχών, είτε είναι ξεροί ή/και δεν έχουν ψάρια. Το καλοκαίρι τα ψάρια παρακολουθούνται σε υποσύνολο 146 επιχειρησιακών, 213 εποπτικών και ενός διερευνητικού σταθμών, καθώς οι υπόλοιποι σταθμοί δεν παράγουν ιχθυολογικά δείγματα/ δεδομένα.